硬皮病的自然病程个体差异甚大。部份轻型病例可自发缓解。预后与脏器的受损密切相关,凡有心、肾损害者则预后差。流产或顺产均促使病情恶化。一旦肺、心、肾等受累,病情迅速恶化, 20%~40%患者死于肾功能衰竭。血清肌酐值>6mg/dl者,预后尤差。透析与肾移植对延长病者生命可能有助。局限型伴着丝点抗体阳性者预后良好。
总的说,SSc患者在患病10年内的死亡率较普通人群的死亡率高4倍。10年生存率在弥漫皮肤型为55%,在局限皮肤型为75%。